La ville dispose de trois ports :

De nombreux petits chantiers navals restent en activité ; le Port-Rhu continue à produire des bateaux traditionnels en bois, tandis que le Rosmeur fabrique des bateaux modernes de pêche en acier.
Si le port de pêche connaît une période de mutations, le port de plaisance de Tréboul, lui, accueille de nombreux bateaux de croisières.

Douarnenez a été et reste un haut lieu de la pêche à la sardine (3 714 tonnes en 2006), ce qui lui vaut le surnom de « Sardinopolis ». Ainsi, depuis le XIX^e siècle, plusieurs conserveries se sont installées dans la ville, dont la plus ancienne au monde (1853), Chancerelle, est toujours en activité. La technique de pêche à la sardine met en concurrence les sardiniers douarnenistes qui utilisent le filet droit et leurs concurrents utilisant la bolinche, ce qui entraîne deux « guerres de la bolinche » en 1951 et 1958^[158].

Face à la concurrence étrangère, la plupart des conserveries de sardines de la ville ont progressivement fermées leurs portes, notamment à cause de l’appauvrissement de la ressource entre 1880 et 1914. Les pêcheurs douarnenistes se sont diversifiés alors dans la pêche au homard et à la langouste sur les côtes d’Espagne, du Portugal, du Maroc, de Mauritanie, créant chez les marins-pêcheurs douarnenistes jusque dans les années 1980 une caste de Mauritaniens^[160].

Avant 1900, Douarnenez abrite 32 conserveries, leurs patrons faisant partie de la « noblesse de l’huile » alors que les femmes qui y travaillent sont appelées les « dames ou filles de la friture » (4 000 lors de la grève déclenchée en 1924 pour obtenir des salaires décents)^[162]. En 1958, il reste 14 usines, embauchant à l’année 118 personnes. Actuellement, il reste trois usines industrielles qui ont su se développer, qui emploient près de 1 000 personnes et mettent en conserve 70 % du thon français : Paulet (marque Petit Navire), Cobreco^[ad] (avec ses marques Arok et Jacq, elle est le leader de la conserve de coquilles Saint-Jacques et du thon fabriqué en France) et Chancerelle (marque Le Connétable). Depuis 2010, Kerbriant (marque Kerbriant) une petite conserverie artisanale et familiale de plats cuisinés à base de produits de la mer, installée à Beuzec-Cap-Sizun depuis 1986, s’est déplacée sur le site de Lannugat à proximité de la conserverie Cobreco. En 2013, Chancerelle rachète Cobreco et quitte son usine historique sur le port du Rosmeur^[165]. Douarnenez est toujours la capitale européenne de la conserve de poisson.

Le port-musée au Port Rhu a récemment abrité une importante exposition de l’historien local Alain Le Doaré, relatant l’histoire des conserveries dans la ville des “Penn-sardin”, mais aussi en Cornouaille et sur tout le littoral atlantique. Pointeuse, tables, sertisseuses, autoclaves, camion, coffre, boîtes, archives, photos, maquette et films… témoignent de cette activité industrielle.

En raison de l’importance primordiale de la mer dans l’identité et l’histoire de Douarnenez, celle-ci colle toujours à l’image de la ville et à une part de son économie, la pêche à la sardine (voir ci-dessus). Toutefois, parallèlement à l’important déclin de ce secteur, celui des arts a connu une courbe de progression inverse : de ville appréciée par les artistes du monde entier venant la croquer, elle est devenue un important centre artistique. Il n’est ainsi pas exagéré de la considérer comme une “ville du cinéma”.

Les deux places de marché (Douarnenez Centre et Tréboul) sont très fréquentées par les douarnenistes et les touristes. Le marché de Tréboul borde le port de plaisance tandis que celui des Halles est au cœur de la vieille ville.

La Communauté de communes du Pays de Douarnenez comptait 640 entreprises en 2006 (source CCI) dont 90 % sur la seule commune de Douarnenez, réparties dans les secteurs d’activités suivants :

La répartition de ces établissements par tranche d’effectifs est la suivante :

Actuellement membre du groupe Massilly, Franpac fabrique des boîtes de conserves et autres emballages métalliques au 32 de la route de Kerveoc’h. Elle était une des rares entreprises au monde à utiliser le procédé « BOX BAND », qui permettait une ouverture et une fermeture facile grâce à une petite bande de feuillard métallique soudée entre le corps et le couvercle. Passée sous technologie Soudronic au milieu des années 1990, la ligne, sous la direction de Jean-Claude Ascoët, sort sa dernière boîte au milieu de l’année 1999 en raison de l’interdiction du plomb par une directive européenne. Aucun substitut n’ayant pu être trouvé, les boîtes qui utilisaient ce procédé, dont les mythiques paté Hénaff, ont basculé vers un système d’ouverture classique par capsule.